Логистика тут совсем не при чем. А при чем - микроэкономика и понятие ценовой дискриминации. И разница между предельной (marginal) и средней себестоимостью. Если в самолете есть места, то авиакомпании не слишком дорого обойдется провезти еще одного человека по маршруту Нью-йорк-Бостон и Бостон-Париж - при условии, что если не дать ему скидку, то он бы полетел другим маршрутом.
Но если эту скидку давать всем, в том числе, и тем, кто готов платить и больше, то рейс будет нерентабелен.

Представь, есть кинотеатр, на 100 мест. Его аренда стоит $200 за вечер.
Есть 50 человек, готовых платить $4 за билет, еще десять готовы платить $3 еще 15 - $2 и еще 25 - $1.

Заметь, что поставить эти билеты по 3 доллара ты не можешь, твой сбор будет $180 и ты не покроешь издержек. По $4 - можешь, и аккурат покроешь издержки, но останешься с 50 свободными местами, которые, вообще говоря, ты будешь готов продавать по любой цене, покрывающей затраты на еще одну билетершу. Но тебе нужно устроить так, чтобы те, кто был готов заплатить именно $4, их таки заплатили бы.

Тот, кто готов лететь с пересадкой, явно менее склонен платить больше, чем тот, кто хочет лететь прямым рейсом. Вот тебе и критерий.